１年の眠りから覚め、ここから新たなメサイアの物語が始まる。
2010年7月、豪華声優陣を迎えたドラマCDから始まった『メサイア・プロジェクト』。新たなる舞台と映画の連動作品として、舞台『メサイア－銅ノ章-』、映画『メサイア－漆黒ノ章-』と続いていくストーリーが開幕する。8/31から全国の劇場で公開された「メサイア-漆黒ノ章-」がDVDで登場。
—軍事協定『世界の改心（ワールド・リフォーミング）』— 世界各国は軍隊を人口の０．１％までに軍縮、及び、大量殺戮兵器の開発禁止に調印—しかし、争いは兵器から情報戦争へと形を変えたに過ぎなかった。一見平和な世界の水面下で、国家間の熾烈な情報戦が繰り返される中。日本は、救世主となるべくスパイを育成した。他国との情報戦に特攻をも辞さぬ者たちを・・・。
秘密任務のために特殊機関「チャーチ」で育成されたスパイ。警察省警備庁・特別公安局外事課五係。通称 “サクラ”。
彼ら“サクラ”には「過去」はなく。「国籍」もない。生きた証を残すことも許されない。そして誰も、任務に失敗した“サクラ”を救ってはならない。ただひとり、「チャーチでの卒業試験」を組んだ相手＝“メサイア”を例外として・・・。
“サクラ候補生”である司馬柊介（浜尾京介）は任務中に、自身の相棒“メサイア”を失い、任務に失敗してしまう。「チャーチ」学園長の一嶋晴海（中原裕也）より、同じく任務でメサイアを失った五条颯真（太田基裕）を、新しいメサイアとして任命される。互いにメサイアとして認め合えず、すれ違う二人・・・。そんな中、反政府組織「評議会」が国家機密であるハードディスクを奪取した事が判明。“サクラ候補生”の海棠鋭利（松田凌）とそのメサイア御津見珀（小野健斗）とともに「評議会」のメンバーを捜査する指令が下される。
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