西暦2020年。地球は未曽有の竜災害に見舞われた。
人類は絶望的な状況の中、多大な犠牲を払いその脅威を退けることに成功した。
そして、人々の心に希望の兆しが見え始めた頃……。

首都圏の復興拠点が東京都庁から国会議事堂へ移ることになり、
都庁の各区画では、ムラクモや自衛隊も協力して移送準備に追われていた。
真竜・ニアラとの最終決戦で大きな後遺症を負った
ムラクモ13班もまた、その中にいたのだった。

議事堂への拠点移行が一段落した夜、13班の部屋に訪ねてきたのは……。

西暦2021年。人々の希望を塗り潰すように黒いフロワロが咲き誇り、
真竜・フォーマルハウト率いる竜の軍勢によって、再び大地は蹂躙されていた。
ムラクモは、真竜を討つ切り札「竜殺剣」の生成を進める一方、
新たな仲間として米軍の異能者部隊「SECT11」を迎え入れる。
厳しさ増す任務に疲弊する13班。そんな中、自衛隊から救援要請が入る。
13班に代わり出動することになったのは、ダイゴ、ネコ、ショウジ、イズミの４名。
SKYとSECT11による、初の共同作戦が始動する——！

鳴り響く警報、泣き声、悲鳴———暗闇の中に灯るもの、それは……。